Nadeszła jesień, a wraz z nią sezon przeziębieniowy. Nie trzeba być jasnowidzem, aby przewidzieć, że w okresie września-grudnia, gdy dzieci wrócą do szkół, studenci na uczelnie i znowu więcej czasu będziemy spędzać w pomieszczeniach zamkniętych, wzrośnie częstość zakażeń układu oddechowego.
Tak dzieje się każdego roku i zawsze część tych zakażeń jest spowodowana koronawirusami krążącymi w środowisku. Nic więc dziwnego, że gdy wzrasta liczba przeziębionych, wrasta także liczba tych, u których zakażenie wywoła któryś z koronawirusów, w tym SARS-CoV-2, u niektórych powodując objawy choroby zwanej COVID. Tyle, że również sezonowa grypa, czy tzw. przeziębienie, może przerodzić się w poważniejsze schorzenie u pewnej grupy osób, co można było obserwować każdego roku, gdy w sezonie przeziębieniowym szpitale pękały w szwach. W sezonie 2018/2019 sezonowa grypa dziesiątkowała szkoły, na tyle, że niektórzy dyrektorzy zastanawiali się nad zawieszeniem zajęć. Gdyby nie masowe testowanie w 2020 r. zapewne wiele osób nie miałoby pojęcia o infekcji SARS-CoV-2, przechodząc ją bezobjawowo, lub mając słabe dolegliwości, które na ogół pozostają niezauważone.
W trakcie ewolucji gatunek Homo sapiens stykał się z wieloma patogenami i wykształcił różnorodne mechanizmy obronne zarówno na poziomie genomu jak i całego organizmu. Pozostałością naszej ewolucyjnej historii są liczne sekwencje wirusopodobne (tzw. retrotranspozony) w genomie ludzkim, które często pełnią ważne funkcje. Sekwencje te stanowią nawet 60% genomu, regulując ekspresję genów i uruchamiając ważne szlaki sygnałowe. To one odpowiadają za gwałtowny rozwój mózgu u przodków człowieka.
Retrotranspozony HERV w okresie zarodkowym indukują szlak sygnałowy chroniący przed infekcjami wirusowymi, a w okresie późniejszym indukują reakcję obronną genomu człowieka na skutek infekcji wirusem HIV. Mechanizmy obronne sprawiają, że większość infekcji przechodzi niezauważona. Przykładowo, infekcja bakterią prątkiem gruźlicy prowadzi do objawów chorobowych (gruźlica płuc) tylko u 10% zakażonych i tylko te 10% aktywnie zakaża innych (chorzy prątkujący). Nie inaczej jest z koronawirusami, które znane są od lat 60-tych ubiegłego wieku.
Niestety, w 2020 r. postanowiono zaingerować w naturalne zjawiska populacyjne i od marca rozpoczęto tzw. „spłaszczanie krzywej” w celu uniknięcia podobno śmiertelnej pandemii nowego koronawirusa. Tak jakby do tej pory wirusy nie mutowały i każdego roku nie pojawiały się ich nowe szczepy. Można zrozumieć początkowe działania władz, które obawiały się wzrostu zachorowań i zapaści i tak już niewydolnej służby medycznej. Panika, podsycana błędnym modelem zespołu Neil’a Ferguson’a z Imperial College of London, ogarnęła niemalże cały świat. Zadziwiające, że nikt nie zwrócił uwagi na inne, mniej katastrofalne modele, jak chociażby ten opublikowany przez zespół Sunetry Gupty z Oxford University, sugerujący dość powszechne rozprzestrzenienie się wirusa w populacji bez znaczących objawów.
Jak jeden mąż przyjęto błędny model matematyczny i zamknięto w domach miliony ludzi wpędzając ich w dodatkowe problemy zdrowotne i finansowe. Zrujnowano gospodarki, zlikwidowano całe branże, przekreślono cały dorobek na temat zdrowego stylu życia. Zrobiono to wbrew wiedzy o człowieku i środowisku, w którym żyje, bez dyskusji, bez zasięgnięcia opinii różnorodnych środowisk. W efekcie lekarstwo okazało się gorsze od choroby, prowadząc nie tylko do rozciągnięcia sezonu przeziębieniowego na cały okres letni, ale „produkując” drugą falę poprzez znaczne pogorszenie zdrowotności społeczeństwa w wyniku nadmiernie nakładanej kwarantanny, ograniczeń w swobodnym uprawianiu sportów, przemieszczaniu się i kontaktowaniu. Pewnie trzecia fala będzie na przełomie lutego i marca 2021 r. z jeszcze większą liczbą tzw. zakażeń i zgonów napędzanych pogorszeniem się stanu zdrowotnego społeczeństwa. I tym sposobem uwiarygodni się pandemia, której mogło nie być.
Niestety, szaleństwu nie widać końca pomimo, iż mediana śmiertelności koronawirusa dla 51 lokalizacji na świecie wynosi 0,27%, według raportu Johna Ioannidisa, opublikowanego w biuletynie WHO we wrześniu 2020 r. Śmiertelność ta różni się pomiędzy lokalizacjami. Wartości przekraczające 1% obserwowano zaledwie w 6 lokalizacjach, co stanowi 11% badanych prób. W pozostałych 89% lokalizacji śmiertelność była znacznie poniżej 1%, oscylując pomiędzy 0% i 0,73%, przy czym w większości lokalizacji (68%) była niższa lub równa 0,2%. Dane te pokazują znacznie niższą śmiertelność niż początkowo sugerowano (3-4%), chociaż nieco wyższą od śmiertelności typowej dla grypy sezonowej (0,1% według WHO).
Jednakże, jeżeli uwzględnić tylko ciężkie przypadki grypy, to śmiertelność znacznie wzrasta i wynosi 2% (dane z projektu GLaMOR), przy czym 67% zgonów występuje wśród osób powyżej 67 roku życia, podobnie jak w przypadku COVID. Zarówno ciężkie przypadki grypy jak i COVID wymagają podłączenia respiratora. Śmiertelność związana z SARS-CoV-2 jest porównywalna z grypami pandemicznymi w XIX wieku (0,1% do 0,28%) oraz z grypą azjatycką w latach 1957-1958 (0,2%). Wówczas nikt nie zamykał ludzi w domach, nie zmuszał ich do wątpliwej jakości testów, nie wywoływał katastrofy gospodarczej.
Z powodu grypy azjatyckiej w sezonie 1957/1958 zmarło, w zależności od szacunków, od 1 do 4 mln osób. Liczbę zgonów związanych z SARS-CoV-2 szacuje się na 1,19 mln (stan na 31.10.2020 r.), jednakże może być ona przeszacowana. Liczba ta dotyczy wszystkich zgonów, czyli obejmuje zarówno sezon 2019/2020 jak i rozpoczęty sezon 2020/2021, tym samym utrudniając porównanie. Dodatkowo, nie jest jasne jaką część zgonów należy przypisać SARS-CoV-2, ponieważ w większości przypadków zgony dotyczą osób z chorobami współistniejącymi. Wiele państw (UK, USA) rewiduje statystyki i usuwa z nich część zgonów początkowo przypisanych SARS-CoV-2. Tym samym, panika wywołana SARS-CoV-2, wydaje się znacznie przesadzona i napędzana głównie wszechobecną manią testowania każdego kto ośmieli się zakaszleć lub kichnąć.
W marcu 2020 r. WHO zaleciło powszechne stosowanie testów opartych o reakcję PCR w celu śledzenia epidemii SARS-CoV-2, całkowicie pomijając dostępne już wówczas dane z Wuhan z lutego 2020 r., że testy dają wyniki od przypadku do przypadku. W marcu zespół badaczy z Sun Yat-sen University pod przewodnictwem Yafanga Li opublikował wyniki badań pacjentów z COVID, prowadzonych pomiędzy styczniem i lutym 2020 r. w Wuhan. Spośród 610 pacjentów hospitalizowanych ze względu na podejrzenie COVID (diagnoza na podstawie tomografii komputerowej), tylko 148 (24%) miało wynik testu pozytywny. Wynik pozytywny tylko dla 24% pacjentów wskazuje na całkowicie błędną konstrukcję testu.
Co to za test, który daje 76% wyników fałszywie negatywnych? Brak korelacji objawów chorobowych z wynikiem testu powinien być sygnałem alarmowym, że coś z testem jest nie tak. Tymczasem, zamiast zmiany procedury, pacjentów z Wuhan testowano aż do skutku, wykonując nawet 5 testów i uzyskując u kolejnych 49 osób wyniki na przemian pozytywne i negatywne. Z danych Centrum Kontroli i Zapobiegania Chorób w USA (CDC) również wynika, że test RT-qPCR daje 65% wyników fałszywie pozytywnych. I taki test zalecono dla testowania całej populacji i śledzenia nowej kategorii ludzi, tzw. bezobjawowo chorych. Efekt, CDC rekomendując testy PCR dla SARS-CoV-2 stwierdza, że wynik negatywny nie wyklucza zakażenia koronawirusem, a wynik pozytywny może świadczyć o zakażeniu innymi patogenami.
PCR to łańcuchowa reakcja polimerazy (ang. polymerase chain reaction, stąd PCR). Ta tajemnicza nazwa oznacza reakcję chemiczną polegającą na syntezie kwasu deoksyrybonukleinowego (DNA) w probówce. Przeprowadza się ją przy pomocy enzymu polimerazy DNA, który odgrywa kluczową rolę w rozmnażaniu komórek i organizmów. Wyraz „łańcuchowa” wynika z faktu, że reakcja jest przeprowadzana wielokrotnie. Po zakończeniu pierwszej reakcji syntezy DNA (zwanej cyklem), produkt tej reakcji natychmiast staje się substratem w następnej reakcji syntezy itd. aż do zatrzymania reakcji przez eksperymentatora. Pozwala to teoretycznie namnożyć DNA w milionach kopii. Jeżeli zaczynamy od jednej cząsteczki DNA, to w wyniku pierwszej reakcji (pierwszy cykl) syntezy otrzymujemy dwie cząsteczki, w wyniku drugiej reakcji (drugi cykl) z tych dwóch cząsteczek otrzymujemy 4 itd. Po 20 reakcjach (cyklach) powstanie 1 048 576 cząsteczek DNA.
Reakcję prowadzi się w specjalnych urządzeniach zwanych termocyklerami, które modyfikują temperaturę mieszaniny reakcyjnej tak, aby mogły zachodzić wszystkie etapy syntezy. Reakcja PCR jest cennym narzędziem w badaniach genetycznych i molekularnych, gdyż pozwala namnożyć analizowany DNA w dużych ilościach. To dzięki reakcji PCR poznaliśmy budowę i ewolucję genomów roślin i zwierząt. Tej reakcji zawdzięczamy Projekt Sekwencjonowania Genomu Ludzkiego. Dobrze zoptymalizowana i prawidłowo stosowana reakcja PCR znalazła także zastosowanie w diagnostyce medycznej, w tym w diagnostyce zakażenia wirusem zapalenia wątroby, grypy, HIV, w diagnostyce chorób genetycznych.
Kluczem do prawidłowego stosowania reakcji PCR jest czysty materiał genetyczny. Pobierany materiał biologiczny z nosogardzieli zawiera mieszaninę kwasów nukleinowych różnego pochodzenia, w tym DNA i RNA człowieka, a także grzybów, bakterii oraz wirusów, które w nozdrzach się znalazły. PCR przeprowadzony na takim materiale namnoży każde DNA, które może być odczytane jako wynik pozytywny, w tym jako fałszywie pozytywny.
W przypadku koronawirusów sytuacja się komplikuje dodatkowo, gdyż ich materiałem genetycznym nie jest DNA, lecz RNA (kwas rybonukleinowy). Polimeraza DNA może syntetyzować tylko DNA, zatem RNA wirusa należy przekształcić na DNA (tzw. cDNA) w reakcji odwrotnej transkrypcji i dopiero potem poddać reakcji PCR (tzw. RT-PCR). Izolując RNA z wymazów z nosogardzieli, otrzymujemy głównie RNA ludzkie (95%), z niewielkim dodatkiem RNA pochodzącego od bakterii, grzybów i wreszcie wirusów. Aby zidentyfikować w tej mieszaninie RNA wirusa należy otrzymane RNA odpowiednio przygotować, między innymi pozbywając się RNA ludzkiego. W rutynowej diagnostyce tego się nie robi, gdyż procedura jest złożona i czasochłonna. Zdaje się, że producenci testów do izolacji materiału genetycznego wirusa SARS-CoV-2 doskonale o tym wiedzą, zalecając izolację z materiału nie zawierającego komórek ludzkich. Wymaz z nosogardzieli tego warunku nie spełnia.
Ponieważ wiele organizmów ma sekwencje podobne (tzw. homologiczne), nigdy nie ma pewności, co w reakcji PCR z wykorzystaniem niezbyt dobrze oczyszczonego materiału genetycznego zostało namnożone. Sprawy nie rozwiązuje zastosowanie specyficznych starterów, czyli krótkich odcinków DNA, które są niezbędne do rozpoczęcia reakcji PCR. Z zasady startery powinny być dopasowane do fragmentu DNA, który chcemy namnożyć. Jednakże startery są krótkie i znalezienie pasujących fragmentów w innym niż namnażany genom nie stanowi problemu.
Przykładowo, bez problemu można znaleźć około stu fragmentów w genomie człowieka podobnych do starterów opisanych przez Panel CDC 2019-n-CoV-2 jako specyficzne dla genu N wirusa SARS-CoV-2. Wiele z nich dotyczy istotnych genów związanych z cyklem komórkowym, strukturą jądra, szlakami sygnałowymi. Wiara, że specyficzne startery wystarczą i nie będzie konieczny czysty materiał genetyczny nie ma uzasadnienia we współczesnej wiedzy o budowie i ewolucji genomów, w tym genomu ludzkiego.
Dodatkowo, sama reakcja PCR nie jest dobrze zoptymalizowana. Startery wykorzystywane w reakcji PCR nie spełniają podstawowych wymogów w odniesieniu do ich składu nukleotydowego oraz tworzą struktury drugorzędowe, które hamują reakcję syntezy DNA. Temperatura przyłączania starterów jest o kilka stopni wyższa od temperatury optymalnej, co praktycznie uniemożliwia przyłączenie się starterów do fragmentu, który chcemy powielić. Kontrowersyjna jest także zalecana liczba 40-45 cykli, co znacznie zwiększa szanse reakcji niespecyficznej, zwłaszcza przy braku lub niewielkiej ilości materiału genetycznego koronawirusa w próbie. Testy diagnostyczne dla SARS-CoV-2 wykorzystują odmianę reakcji RT-PCR, w której ilość namnażanego produktu obserwuje się w czasie rzeczywistym (tzw. Real Time PCR, qPCR), stąd pełna nazwa metody RT-qPCR.
Źle zaprojektowana reakcja PCR jest zapewne przyczyną, że nie jest wykorzystywany potencjał tej metody do odczytu liczby cząstek wirusa w próbie, ograniczając się jedynie do wyniku plus i minus. Tym samym wartość diagnostyczna reakcji PCR (tu: RT-qPCR) jest bardzo niska, zaś poziom błędnych odczytów znaczny. To zjawisko mogliśmy obserwować od początku tzw. pandemii w postaci wyników fałszywie pozytywnych i fałszywie negatywnych, wypowiedziach ekspertów o odczynnikach reagujących ze sobą i wreszcie słynnego testu PCR potwierdzającego obecność koronawirusa u kozy, papai czy w oleju silnikowym.
Jak dotkliwe mogą być skutki źle skomponowanego i źle zoptymalizowanego testu boleśnie przekonali się w sierpniu 2020 r. górnicy na Śląsku, ale nie tylko. Masowe testowanie odesłało wiele osób na kilkutygodniową kwarantannę, gdyż uzyskanie dwóch negatywnych wyników testu PCR graniczyło z cudem. Medialni eksperci jak mantrę powtarzali, że testy są wiarygodne i dlatego na ich podstawie zarządza się kwarantannę. To nic, że nieszczęśnicy, na których padło, otrzymywali na przemian wyniki pozytywne i negatywne, niemal jak w rosyjskiej ruletce. Pomimo tych wszystkich zastrzeżeń PCR stał się Świętym Graalem tzw. pandemii. Wiara w test PCR jest tak zakorzeniona, że każdy innowierca jest traktowany jako zwolennik teorii spiskowej. Stan, w którym ludzi zdrowych traktuje się jak chorych i nakazuje się ich testować, nie jest stanem normalnym.
Ten swoisty terroryzm biomedyczny zatacza coraz szersze kręgi. Media głównego nurtu prześcigają się w podawaniu liczby osób PCR-dodatnich, czyli tzw. zakażonych, nie przejmując się, że „złoty standard” epidemiologii oznacza potwierdzenie zakażenia objawami. Masowe testowanie, coraz większe restrykcje, wzbudzają nie tylko strach, ale i oburzenie. Dotykają one prawa człowieka do dbania o zdrowie, ale także prawa do odmowy terapii. Człowiek wyewoluował w środowisku pełnym bakterii i wirusów. Nasz organizm nauczył się bronić przed nimi. Jednakże wiele z tych dodatkowych mieszkańców naszych ciał pełni ważne funkcje utrzymując nas w dobrostanie. Dlatego walka z zagrożeniem nie może naruszać istoty tej relacji. W przeciwnym wypadku stanowi ona zagrożenie dla naszego istnienia jako gatunku biologicznego. Zgodnie z zasadą, że operacja się udała a pacjent zmarł.
Prof. Kornelia Polok
Prof. Roman Zieliński
Autorzy są genetykami i biologami ewolucyjnymi, ekspertami od metody PCR, którą posługują się od blisko 30 lat.
Myśl Polska, nr 49-50 (6-13.2020)
